A história do CEBIM começou na década de 70, quando um grupo de pesquisadores da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ) passou a se dedicar à Informática Médica e desenvolveu, como primeiro projeto, a informatização do Hospital Universitário da UFRJ, na Ilha do Fundão. Naquela época, o trabalho da equipe era adaptar soluções importadas dos Estados Unidos à realidade brasileira.

Com a experiência adquirida em vários anos de estudo e trabalho, em 1991, a equipe desenvolveu o sistema ComAmigo, uma plataforma flexível, adaptável às necessidades de cada situação, a partir da qual seriam implantadas as soluções de informatização, envolvendo conectividade, comunicação à distância, organização, recuperação e controle de informações. Esse sistema, criado com a consultoria de uma equipe de médicos, foi o primeiro trabalho de porte desenvolvido sob o ambiente Windows® no Brasil na área de Informática Médica.

Quatro anos depois, em 1995, esse conhecimento acadêmico se materializou na criação do CEBIM, uma sociedade formada por pesquisadores, médicos e hospitais, que se especializou em Trabalhos de Consultoria e Soluções de Informatização, que vão desde o controle de processos, recuperação de informações em tempo real, informatização completa de clínicas e centros médicos até as redes integradas de comunicação, aplicando modernas metodologias de análise e levantamento de perfis, desenvolvimento de sistemas, funcionamento e tratamento das informações, especificação de hardware e instalação de redes locais.

Hoje, a empresa é responsável pela informatização de mais de 4000 clínicas, centros médicos e consultórios no Brasil e no exterior, incluindo empreendimentos que são referência em saúde no país, como o Barralife Medical Center e o Centro Médico Botafogo.